Jest pracownikiem naukowo-dydaktycznym w Katedrze Literaturoznawstwa Rosyjskiego Instytutu Filologii Wschodniosłowiańskiej Wydziału Filologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego. 
W swych badaniach naukowych oraz pracy dydaktycznej zajmuje się głównie cerkiewnosłowiańską oraz rosyjską literaturą religijną, a także tradycją chrześcijańską w literaturze rosyjskiej XIX i początku XX wieku. Zasadniczy temat jego badań i publikacji stanowi recepcja bizantyńsko-słowiańskiej tradycji hezychazmu na obszarze Rusi Moskiewskiej i Rosji. Tej problematyce poświęcił m.in. rozprawę habilitacyjną: Hezychazm Rusi Moskiewskiej; Metoda interpretacji na podstawie wybranych zabytków literatury przekładowej i oryginalnej (Kraków 2013) oraz dwie monografie naukowe: Hezychazm Rusi Moskiewskiej. Nił Sorski, część pierwsza (Kraków 2014),  Hezychazm Rusi Moskiewskiej. Nił Sorski, część druga (Kraków 2018). 
Józef Kuffel jest ponadto autorem dwóch książek przybliżających sylwetkę oraz dzieła najważniejszego wśród Słowian przedstawiciela XVIII-wiecznego odrodzenia prawosławia: Święty Paisjusz Wieliczkowski, O modlitwie umysłu albo modlitwie wewnętrznej (przełożył i wstępem opatrzył J. Kuffel, Białystok 1995) oraz W drodze na Tabor. Theosis w życiu i twórczości św. Paisjusza Wieliczkowskiego (Kraków 2005). 
Józef Kuffel jest też współzałożycielem i współpracownikiem powołanej w 2021 r. na Wydziale Filologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego Pracowni Studiów nad Dziedzictwem Chrześcijańskim w Literaturze. W ramach Pracowni podejmuje badania nad spuścizną literacką rosyjskiej emigracji pierwszej fali po wojnie domowej 1917-1920 r., tematyką konfrontacji chrześcijaństwa z rewolucją w literaturze rosyjskiej oraz polsko-rosyjskimi związkami kulturowo-literackimi za czasów panowania ostatnich Romanowów. 

adres e-mail: jozef.kuffel@uj.edu.pl